常州地区医学事业兴盛甚早。据目前所掌握之文献，先秦两汉时期，常州地区已有诸多道医遗迹。此后，历经隋唐积淀，至宋明时期，常州地区医理丰富发展，进而渐有雏形。
西晋永嘉之乱后，东晋、南朝先后建都南京，常州也自此成为京畿重地，仅齐梁两朝就共有15位皇帝诞生于此，教化昌明冠绝东南。中原地区大批官宦及知识分子的南迁，不仅带来了先进的文化制度，其中亦不乏精通医药之人，他们落地生根，又与常州本地医家切劘交流，对常州的医学进步产生了强大的辐射作用。
就地理形势而言，常州地处宁镇山脉东麓，尤其是西南百里之茅山地区，素有“秦汉神仙府，梁唐宰相家”之美称，山川形胜，江南独秀，古来多有隐逸之士避地自处，为道教圣地、上清派祖庭。先秦时期，郭四朝、李明真人于此修炼，西汉时咸阳茅氏三兄弟又来此采药救灾。两晋之交，葛洪隐于茅山抱朴峰，修道炼丹，兼治医务，如是者凡十余载。梁齐之际，陶弘景亦辞官退隐茅山华阳洞。可以说，南北交融的时代印记、十道九医的茅山道医传统，为此后孟河医派最初的萌芽培育了肥沃的土壤。
自隋唐而至靖康之难，宋室南迁，常州医学代不乏人，就中又有伤寒大家许叔微承续医脉。史载其以行医为业，晚年辞官退隐，居马迹山(今无锡马山，隋至建国初历属武进)行医济人，著书立说。许氏在常武地区行医近二十年，尤其是对常州东南部地区的影响较大，他对《伤寒论》研究及自己医案的整理总结等则为后继孟河医家所继承和发扬。晚明时期，另一位进士出身的名医亦于此登坛，是即金坛王肯堂。王氏于40岁时中进士，后辞官研习医书，潜心著述。其通晓伤寒，精于内科，擅治外科，又重视人体解剖，精于外科手术，对孟河医派外科刀圭之术的影响尤深。此外，王氏内、外、妇、儿、骨各科均有涉猎，亦开创了孟河医派各科皆擅之先河。
明末清初，伴随着经济的南移与漕运的兴盛，常州地区民生富庶，崇文重教。因孟河地处水路咽喉、战略要冲，左近医药名家多会于此，各种学术思想相互砥砺，治学方法多有借鉴，其中尤以胡慎柔、顾元交、法徵麟、法公麟、费尚有、马院判、钱祥甫、钱维岳等人医名卓著。优越的地理位置，发达的交通条件，繁荣的漕运经济，深厚的文化积淀，为孟河医派雏形的形成与核心医学思想的建立提供了坚实的基础。此时的孟河医派方兴日盛，名家辈出，除以上所述诸家之外，费尚有、马院判、钱祥甫、钱维 岳等人亦名著一时，他们或精于内外诸科，或擅长针刀之术，共同形成了孟河医派欣欣向荣的发展局面。
在此前千余年积淀、萌芽的基础上，孟河医派于清末民初迎来自身发展的鼎盛时期。在此期间，以费伯雄、马培之、巢崇山、丁甘仁为宗派的四家相继崛起，并在后续的历史发展中，逐渐形成壮大，扬播海内外。此外，伴随清末海运的兴起，孟河作为苏浙水上交通的枢纽地位日渐没落，加之战乱频仍、河道淤堵，已难复往昔喧嚣繁华。孟河医家亦不再限于一隅，逐渐向苏州、上海一带迁移，穷则思变中为中医事业的传承寻求新的机遇，这一迁移也成为孟河医派逐步走向全国、辐射全球之肇始。
